Parallel zur Ingenieurausbildung beginnt in der Regel eine modular aufgebaute Flugausbildung. Sie umfasst die fliegerische Grundausbildung nach europäischen Richtlinien während der ersten beiden Studienjahre sowie die Ausbildung zum / zur Verkehrsflugzeugführer/-in (ATPL) im direkten Anschluss an das Studium. Die fliegerische Grundausbildung beinhaltet mindestens 80 Stunden Theorie und mindestens 45 Stunden Flugpraxis. Die darauf aufbauende Ausbildung zum ATPL-Piloten beträgt mindestens 1200 Stunden Theorie und 245 Stunden Flugpraxis.

Für die Flugausbildung ist die kooperierende Verkehrsfliegerschule (die Technische Fachschule für Flugzeugführer GmbH am Flughafen Münster/Osnabrück) verantwortlich. Die Hochschule Osnabrück unterstützt diese Ausbildung nach Maßgabe ihrer Aufgabenstellung und Möglichkeiten, insbesondere durch Abstimmung und Anerkennung der theoretischen Lehrinhalte mit dem Luftfahrtbundesamt. Damit wird insbesondere erreicht, dass Teile der Ingenieurausbildung als Theorieausbildung vom Luftfahrtbundesamt anerkannt werden.